OS(CentOS)を入れ替えた後、phpでGDが使えなくなっていました。
GDはインストール済みだったのですが、何か設定が抜けてるのかな？と調べたら、phpとGDを使うには、下記のモジュールが必要とわかりましたので、各モジュールをインストールしてみました。
# yum -y install flex libxml2-devel
# yum -y install zlib-devel libpng-devel
# yum -y install libjpeg-devel
結果、libxml2-develがインストールされていなかったので、GDが使えなかったようです。